37-42년 사이에 전도에 주력하던 예수님의 사도들이 예루살렘에서 추방당하게 되자 사도 요한은 성모 마리아를 돌볼 임무를 부여 받고 성모 마리아와 함께 에베소에 와서 살면서 말년을 보냈다. 또한 사도 바울도 그의 2, 3차 전도 여행에 에베소를 방문하여 선교를 하면서 교회를 세우기도 하였다.

64년 사도 바울이 로마의 성 밖에서 순교하자 요한은 그를 대신해 에베소 교인들의 지도자가 되었으나 도미티안 황제 때에 로마로 끌려가 고문을 당하고 지중해 연안의 파트모스섬(성경에는 밧모섬)으로 유배되어 이곳에서 대리석을 채취하는 중노동을 하면서 "계시록"을 쓰게 된다. 그 후 도미티안 황제가 피살되자 유배에서 풀려나 에베소로 돌아와 "요한복음"을 썼다.  셀축(Selcuk)지역에 들어서면 오른쪽으로 셀죽성이 보이며 바로 조금만 들어가면 교회가 나온다. 아야소룩 언덕에는 성 소피아를 세운바 있는 유스티니아누스(527∼565년 재위) 황제가 건축한 요한 교회(The Church of St. John)가 있다.

4세기에는 그곳에 요한의 무덤이 있었고, 작은 교회가 있었던 것으로 알려졌다. 유스티니아누스 황제는 십자가형으로 교회를 건축했는데 특별히 복음서의 제자들을 상징하는 네 개의 기둥과 상석에는 삼위일체를 상징하는 세 개의 기둥을 사용하였다. 교회에는 요한의 무덤, 헌금저장소, 성화가 있는 방, 성찬을 준비하는 방, 세례소 등이 있다. 요한 교회 뒤쪽에는 셀죽성이 있고 그 밑에는 이사베이 회교사원이 있다. 이사베이 회교 사원은 1375년에 건축된 전형적인 회교 건물이다. 본래는 두 개의 첨탑이 있었는데 17세기 지진으로 파괴되었다.